| 1. Round | 13/07/2013 | SV Heimstetten | - | Bayern München II | 0:6 | ||||
| 2. Round | 16/07/2013 | SV Heimstetten | - | TSV 1896 Rain | 3:3 | ||||
| 3. Round | 19/07/2013 | SV Seligenporten | - | SV Heimstetten | 4:1 | ||||
| 4. Round | 27/07/2013 | SV Heimstetten | - | FV Illertissen | 2:2 | ||||
| 5. Round | 30/07/2013 | FC Memmingen | - | SV Heimstetten | 0:2 | ||||
| 6. Round | 03/08/2013 | SV Heimstetten | - | FC Augsburg II | 0:4 | ||||
| 9. Round | 18/08/2013 | SV Heimstetten | - | Würzburger Kickers | 0:2 | ||||
| 10. Round | 24/08/2013 | TSV 1860 München II | - | SV Heimstetten | 5:1 | ||||
| 11. Round | 30/08/2013 | SV Heimstetten | - | SV Schalding-Heining | 1:0 | ||||
| 12. Round | 04/09/2013 | 1. FC Nürnberg II | - | SV Heimstetten | 1:1 | ||||
| 13. Round | 07/09/2013 | SV Heimstetten | - | SpVgg Greuther Fürth II | 0:1 | ||||
| 14. Round | 14/09/2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Heimstetten | 3:3 | ||||
| 15. Round | 20/09/2013 | SV Heimstetten | - | TSV Buchbach | 0:4 | ||||
| 16. Round | 28/09/2013 | Viktoria Aschaffenburg | - | SV Heimstetten | 2:2 | ||||
| 7. Round | 09/10/2013 | TSV 1860 Rosenheim | - | SV Heimstetten | 2:1 | ||||
| 19. Round | 19/10/2013 | SV Heimstetten | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 4:1 |
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