| 2. Round | 28/07/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:4 |  |
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| 5. Round | 11/08/2012 | VfL Osnabrück | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 6. Round | 25/08/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Arminia Bielefeld | 0:2 |  |
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| 7. Round | 28/08/2012 | Alemannia Aachen | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | |
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| 8. Round | 01/09/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Borussia Dortmund II | 5:0 | ||||
| 9. Round | 15/09/2012 | 1. FC Saarbrücken | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:2 | ||||
| 10. Round | 22/09/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Kickers Offenbach | 1:1 | ||||
| 11. Round | 26/09/2012 | Karlsruher SC | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:0 |  |
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| 13. Round | 06/10/2012 | Rot-Weiß Erfurt | - | Stuttgarter Kickers | 0:3 | ||||
| 24. Round | 02/02/2013 | Rot-Weiß Erfurt | - | VfL Osnabrück | 2:1 | ||||
| 23. Round | 03/04/2013 | VfB Stuttgart II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 32. Round | 06/04/2013 | Stuttgarter Kickers | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 | ||||
| 26. Round | 16/04/2013 | Rot-Weiß Erfurt | - | Alemannia Aachen | 3:1 | ||||
| 35. Round | 27/04/2013 | Rot-Weiß Erfurt | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 36. Round | 04/05/2013 | Chemnitzer FC | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:2 |  |
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| 27. Round | 07/05/2013 | Borussia Dortmund II | - | Rot-Weiß Erfurt | 4:3 | |
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