| 1. Round | 15/08/2015 | FC Ingolstadt 04 [Youth] | - | SC Freiburg [Youth] | 2:3 | ||||
| 4. Round | 29/08/2015 | FC Ingolstadt 04 [Youth] | - | 1. FC Saarbrücken [Youth] | 0:2 | ||||
| 6. Round | 19/09/2015 | FC Ingolstadt 04 [Youth] | - | Karlsruher SC [Youth] | 3:1 | ||||
| 19. Round | 05/03/2016 | Karlsruher SC [Youth] | - | FC Ingolstadt 04 [Youth] | 1:1 | ||||
| 20. Round | 13/03/2016 | FC Ingolstadt 04 [Youth] | - | Bayern München [Youth] | 1:0 | ||||
| 21. Round | 02/04/2016 | Eintracht Frankfurt [Youth] | - | FC Ingolstadt 04 [Youth] | 1:1 | ||||
| 22. Round | 10/04/2016 | FC Ingolstadt 04 [Youth] | - | VfB Stuttgart [Youth] | 2:2 | ||||
| 23. Round | 17/04/2016 | 1. FC Nürnberg [Youth] | - | FC Ingolstadt 04 [Youth] | 3:0 | ||||
| 24. Round | 23/04/2016 | FC Ingolstadt 04 [Youth] | - | SpVgg Greuther Fürth [Youth] | 0:1 | ||||
| 25. Round | 30/04/2016 | 1. FSV Mainz 05 [Youth] | - | FC Ingolstadt 04 [Youth] | 1:2 | ||||
| 26. Round | 07/05/2016 | FC Ingolstadt 04 [Youth] | - | TSV 1860 München [Youth] | 3:1 |  |
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