| 5. Round | 04/08/2017 | Wacker Burghausen | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:3 | ||||
| 11. Round | 16/09/2017 | SV Seligenporten | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:4 | ||||
| 12. Round | 23/09/2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Nürnberg II | 2:1 | ||||
| 16. Round | 14/10/2017 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:3 | ||||
| 22. Round | 18/11/2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayreuth | 6:0 | ||||
| 27. Round | 10/03/2018 | SV Schalding-Heining | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:3 | ||||
| 26. Round | 13/03/2018 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1860 Rosenheim | 0:1 | ||||
| 29. Round | 24/03/2018 | FV Illertissen | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||||
| 30. Round | 28/03/2018 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Seligenporten | 1:1 | ||||
| 35. Round | 21/04/2018 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 2:3 | ||||
| 24. Round | 24/04/2018 | FC Ingolstadt 04 II | - | Wacker Burghausen | 1:4 | ||||
| 36. Round | 27/04/2018 | VfB Eichstätt | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:0 |  |
|||
| 37. Round | 30/04/2018 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Pipinsried | 1:3 | ||||
| 38. Round | 12/05/2018 | FC Augsburg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:1 |
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