| 1. Round | 22/08/2007 | Werder Bremen II | - | 1. FC Magdeburg | 3:0 | ||||
| 5. Round | 26/08/2007 | SC Verl | - | 1. FC Magdeburg | 0:1 |  |
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| 7. Round | 05/09/2007 | 1. FC Magdeburg | - | VfB Lübeck | 3:0 | ||||
| 8. Round | 08/09/2007 | Rot-Weiß Oberhausen | - | 1. FC Magdeburg | 2:1 | |
|||
| 10. Round | 22/09/2007 | Rot Weiss Ahlen | - | 1. FC Magdeburg | 3:1 | ||||
| 11. Round | 26/09/2007 | 1. FC Magdeburg | - | Borussia Dortmund II | 0:2 | ||||
| 12. Round | 29/09/2007 | Kickers Emden | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 14. Round | 20/10/2007 | Eintracht Braunschweig | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 15. Round | 27/10/2007 | 1. FC Magdeburg | - | SV Babelsberg 03 | 1:1 | ||||
| 16. Round | 04/11/2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Magdeburg | 4:1 | ||||
| 17. Round | 10/11/2007 | 1. FC Magdeburg | - | 1. FC Union Berlin | 1:1 |
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