| 1. Round | 20/09/2020 | FC Ingolstadt 04 | - | KFC Uerdingen 05 | 2:1 |  |
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| 2. Round | 26/09/2020 | Hallescher FC | - | FC Ingolstadt 04 | 0:2 | ||||
| 3. Round | 03/10/2020 | FC Ingolstadt 04 | - | SpVgg Unterhaching | 0:1 |  |
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| 4. Round | 11/10/2020 | Viktoria Köln | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | |
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| 8. Round | 01/11/2020 | Türkgücü München | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 11. Round | 22/11/2020 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 12. Round | 25/11/2020 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 | 1:3 | |
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| 13. Round | 30/11/2020 | SV Meppen | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 14. Round | 05/12/2020 | FC Ingolstadt 04 | - | VfB Lübeck | 1:1 | ||||
| 23. Round | 06/02/2021 | FC Ingolstadt 04 | - | Viktoria Köln | 2:1 | ||||
| 32. Round | 18/04/2021 | FC Ingolstadt 04 | - | SV Meppen | 0:0 | ||||
| 37. Round | 15/05/2021 | MSV Duisburg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:5 |
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