| 1. Round | 22/07/2012 | 1. FC Nürnberg II | - | SC Eltersdorf | 3:1 | ||||
| 2. Round | 25/07/2012 | FC Memmingen | - | 1. FC Nürnberg II | 1:1 | ||||
| 3. Round | 28/07/2012 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:2 | ||||
| 4. Round | 03/08/2012 | TSV 1860 Rosenheim | - | 1. FC Nürnberg II | 2:0 | ||||
| 5. Round | 07/08/2012 | FV Illertissen | - | 1. FC Nürnberg II | 1:1 | ||||
| 22. Round | 16/11/2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Nürnberg II | 2:2 | ||||
| 23. Round | 25/11/2012 | 1. FC Nürnberg II | - | TSV 1860 Rosenheim | 1:0 | ||||
| 26. Round | 03/03/2013 | 1. FC Nürnberg II | - | VfL Frohnlach | 3:0 | ||||
| 27. Round | 08/03/2013 | Eintracht Bamberg | - | 1. FC Nürnberg II | 1:1 | ||||
| 24. Round | 12/03/2013 | 1. FC Nürnberg II | - | FV Illertissen | 4:2 | ||||
| 30. Round | 31/03/2013 | 1. FC Nürnberg II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 0:2 | ||||
| 31. Round | 06/04/2013 | Viktoria Aschaffenburg | - | 1. FC Nürnberg II | 0:3 | ||||
| 33. Round | 19/04/2013 | SV Seligenporten | - | 1. FC Nürnberg II | 0:0 | ||||
| 28. Round | 23/04/2013 | 1. FC Nürnberg II | - | Bayern München II | 1:3 |
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