| 1. Round | 14/07/2017 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 5:0 | ||||
| 10. Round | 08/09/2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | FV Illertissen | 0:1 | ||||
| 11. Round | 16/09/2017 | SV Seligenporten | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:4 | ||||
| 12. Round | 23/09/2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Nürnberg II | 2:1 | ||||
| 13. Round | 30/09/2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | VfR Garching | 4:1 | ||||
| 15. Round | 07/10/2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Unterföhring | 5:1 | ||||
| 16. Round | 14/10/2017 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:3 | ||||
| 17. Round | 21/10/2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | VfB Eichstätt | 6:0 | ||||
| 18. Round | 28/10/2017 | FC Pipinsried | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:5 |  |
 |
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| 19. Round | 31/10/2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Augsburg II | 0:0 | ||||
| 22. Round | 18/11/2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayreuth | 6:0 | ||||
| 26. Round | 13/03/2018 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1860 Rosenheim | 0:1 | ||||
| 29. Round | 24/03/2018 | FV Illertissen | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||||
| 34. Round | 10/04/2018 | FC Unterföhring | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:0 | ||||
| 38. Round | 12/05/2018 | FC Augsburg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:1 |
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