| 25. Round | 30/11/2013 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:0 | ||||
| 26. Round | 09/03/2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 30. Round | 05/04/2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | 4:1 | ||||
| 31. Round | 12/04/2014 | FC Augsburg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 34. Round | 16/04/2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | Würzburger Kickers | 0:0 | ||||
| 32. Round | 19/04/2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1860 Rosenheim | 0:1 | ||||
| 33. Round | 26/04/2014 | SV Heimstetten | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:0 |  |
|||
| 36. Round | 10/05/2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Schalding-Heining | 3:1 | ||||
| 37. Round | 16/05/2014 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 |
Germany