| 3. Round | 02/09/2012 | 1. FC Magdeburg | - | ZFC Meuselwitz | 3:0 | ||||
| 4. Round | 15/09/2012 | Berliner AK 07 | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 5. Round | 23/09/2012 | 1. FC Magdeburg | - | VFC Plauen | 1:0 | ||||
| 6. Round | 28/09/2012 | 1. FC Union Berlin II | - | 1. FC Magdeburg | 0:3 | ||||
| 7. Round | 07/10/2012 | 1. FC Magdeburg | - | Hertha BSC II | 0:2 | ||||
| 9. Round | 28/10/2012 | 1. FC Magdeburg | - | Torgelower SV Greif | 2:0 | ||||
| 10. Round | 31/10/2012 | 1. FC Lok Leipzig | - | 1. FC Magdeburg | 3:0 | ||||
| 12. Round | 17/11/2012 | Optik Rathenow | - | 1. FC Magdeburg | 0:3 | ||||
| 13. Round | 23/11/2012 | 1. FC Magdeburg | - | Energie Cottbus II | 2:2 | ||||
| 14. Round | 01/12/2012 | 1. FC Magdeburg | - | Germania Halberstadt | 0:2 | ||||
| 24. Round | 13/04/2013 | Torgelower SV Greif | - | 1. FC Magdeburg | 1:2 | ||||
| 27. Round | 04/05/2013 | 1. FC Magdeburg | - | Optik Rathenow | 1:0 | ||||
| 28. Round | 10/05/2013 | Energie Cottbus II | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 |
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