| 1. Round | 27/08/2016 | Hamburger SV | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 2. Round | 10/09/2016 | FC Ingolstadt 04 | - | Hertha BSC | 0:2 | ||||
| 3. Round | 17/09/2016 | Bayern München | - | FC Ingolstadt 04 | 3:1 | ||||
| 4. Round | 20/09/2016 | FC Ingolstadt 04 | - | Eintracht Frankfurt | 0:2 | ||||
| 5. Round | 24/09/2016 | Bor. Mönchengladbach | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 6. Round | 01/10/2016 | FC Ingolstadt 04 | - | 1899 Hoffenheim | 1:2 | ||||
| 7. Round | 15/10/2016 | 1. FC Köln | - | FC Ingolstadt 04 | 2:1 | ||||
| 8. Round | 22/10/2016 | FC Ingolstadt 04 | - | Borussia Dortmund | 3:3 | ||||
| 9. Round | 29/10/2016 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 10. Round | 05/11/2016 | FC Ingolstadt 04 | - | FC Augsburg | 0:2 | ||||
| 11. Round | 19/11/2016 | SV Darmstadt 98 | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 |  |
|||
| 12. Round | 26/11/2016 | FC Ingolstadt 04 | - | VfL Wolfsburg | 1:1 | ||||
| 13. Round | 03/12/2016 | Werder Bremen | - | FC Ingolstadt 04 | 2:1 | ||||
| 14. Round | 10/12/2016 | FC Ingolstadt 04 | - | RB Leipzig | 1:0 |
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