| 2. Round | 28/07/2009 | Bayern München II | - | SpVgg Unterhaching | 1:1 | ||||
| 5. Round | 22/08/2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Bayern München II | 4:2 | ||||
| 25. Round | 23/03/2010 | Wuppertaler SV | - | Bayern München II | 5:3 | ||||
| 30. Round | 27/03/2010 | Erzgebirge Aue | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 32. Round | 03/04/2010 | VfL Osnabrück | - | Bayern München II | 4:1 |  |
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| 20. Round | 06/04/2010 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 |
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