| 4. Round | 12/08/2016 | Sportfreunde Lotte | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:2 | ||||
| 5. Round | 27/08/2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | Fortuna Köln | 3:0 |  |
|||
| 6. Round | 11/09/2016 | FSV Zwickau | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:2 | ||||
| 8. Round | 20/09/2016 | VfL Osnabrück | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:0 | ||||
| 12. Round | 23/10/2016 | Werder Bremen II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 13. Round | 29/10/2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:0 | ||||
| 14. Round | 05/11/2016 | Holstein Kiel | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 | ||||
| 15. Round | 18/11/2016 | Preußen Münster | - | Rot-Weiß Erfurt | 4:0 | ||||
| 21. Round | 04/02/2017 | Rot-Weiß Erfurt | - | FSV Frankfurt | 1:0 | ||||
| 22. Round | 10/02/2017 | VfR Aalen | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 24. Round | 25/02/2017 | Fortuna Köln | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 |
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