| 1. Round | 16/08/2008 | FC Oberneuland | - | Altona 93 | 2:1 | ||||
| 2. Round | 24/08/2008 | Altona 93 | - | Chemnitzer FC | 4:3 | ||||
| 4. Round | 13/09/2008 | Altona 93 | - | Holstein Kiel | 1:6 | ||||
| 5. Round | 19/09/2008 | SV Babelsberg 03 | - | Altona 93 | 2:0 | ||||
| 11. Round | 02/11/2008 | Sachsen Leipzig | - | Altona 93 | 1:3 |  |
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| 12. Round | 09/11/2008 | Altona 93 | - | VfB Lübeck | 0:0 | |
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| 13. Round | 15/11/2008 | SV Wilhelmshaven | - | Altona 93 | 4:1 | ||||
| 15. Round | 29/11/2008 | Energie Cottbus II | - | Altona 93 | 1:1 | ||||
| 18. Round | 20/12/2008 | Altona 93 | - | FC Oberneuland | 1:0 | ||||
| 21. Round | 07/03/2009 | Holstein Kiel | - | Altona 93 | 4:0 | ||||
| 23. Round | 21/03/2009 | Hallescher FC | - | Altona 93 | 2:0 | ||||
| 24. Round | 28/03/2009 | Altona 93 | - | Hamburger SV II | 1:3 |  |
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| 27. Round | 26/04/2009 | VFC Plauen | - | Altona 93 | 4:1 | ||||
| 28. Round | 02/05/2009 | Altona 93 | - | Sachsen Leipzig | 2:1 | |
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| 29. Round | 09/05/2009 | VfB Lübeck | - | Altona 93 | 2:0 | |
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| 30. Round | 13/05/2009 | Altona 93 | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 | ||||
| 33. Round | 30/05/2009 | Altona 93 | - | Hansa Rostock II | 2:2 | |
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