| 2. Round | 17/07/2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV Buchbach | 1:2 | ||||
| 3. Round | 20/07/2013 | Viktoria Aschaffenburg | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 4. Round | 26/07/2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | Eintracht Bamberg | 1:0 | ||||
| 5. Round | 30/07/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:1 | ||||
| 6. Round | 03/08/2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 3:2 | ||||
| 7. Round | 10/08/2013 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:1 | ||||
| 8. Round | 13/08/2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1896 Rain | 4:1 | ||||
| 12. Round | 04/09/2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Augsburg II | 0:0 | ||||
| 13. Round | 07/09/2013 | TSV 1860 Rosenheim | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 14. Round | 14/09/2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Heimstetten | 3:3 | ||||
| 16. Round | 28/09/2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1860 München II | 2:1 |
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