| 1. Round | 15/07/2016 | FC Memmingen | - | Wacker Burghausen | 3:0 | ||||
| 2. Round | 22/07/2016 | TSV Buchbach | - | FC Memmingen | 1:0 |  |
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| 3. Round | 29/07/2016 | FC Memmingen | - | SpVgg Unterhaching | 1:3 | ||||
| 4. Round | 02/08/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | 1:5 | |
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| 5. Round | 05/08/2016 | FC Memmingen | - | SpVgg Bayreuth | 2:2 | ||||
| 15. Round | 15/10/2016 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Memmingen | 2:2 | ||||
| 19. Round | 12/11/2016 | FC Memmingen | - | TSV Buchbach | 4:0 | ||||
| 20. Round | 19/11/2016 | FC Memmingen | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:0 |
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