| 1. Round | 18/07/2016 | TSV 1860 München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 3. Round | 30/07/2016 | VfR Garching | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:1 | ||||
| 4. Round | 02/08/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | 1:5 | ||||
| 5. Round | 06/08/2016 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:3 |  |
|||
| 6. Round | 12/08/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 8. Round | 27/08/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Schalding-Heining | 1:1 | ||||
| 9. Round | 02/09/2016 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 10. Round | 11/09/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Nürnberg II | 0:3 | |
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| 15. Round | 15/10/2016 | SpVgg Unterhaching | - | FC Ingolstadt 04 II | 5:1 | ||||
| 16. Round | 22/10/2016 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 21. Round | 27/11/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:0 | |
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| 24. Round | 18/03/2017 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 0:2 |
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