| 1. Round | 21/07/2012 | Wacker Burghausen | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 2. Round | 28/07/2012 | Preußen Münster | - | Chemnitzer FC | 1:0 | ||||
| 3. Round | 03/08/2012 | SV Darmstadt 98 | - | Preußen Münster | 2:1 |  |
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| 4. Round | 08/08/2012 | Preußen Münster | - | Hansa Rostock | 5:2 | ||||
| 9. Round | 15/09/2012 | VfL Osnabrück | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 10. Round | 22/09/2012 | Preußen Münster | - | Arminia Bielefeld | 4:0 | ||||
| 12. Round | 29/09/2012 | Preußen Münster | - | Borussia Dortmund II | 1:0 | ||||
| 13. Round | 06/10/2012 | 1. FC Saarbrücken | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 16. Round | 03/11/2012 | Preußen Münster | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:2 | ||||
| 22. Round | 15/12/2012 | Preußen Münster | - | SV Darmstadt 98 | 3:0 |
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