| 1. Round | 30/07/2006 | SV Heimstetten | - | TSV Großbardorf | 2:3 |  |
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| 2. Round | 02/08/2006 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | SV Heimstetten | 4:1 | ||||
| 3. Round | 05/08/2006 | SV Heimstetten | - | FC Memmingen | 1:0 | ||||
| 4. Round | 11/08/2006 | 1. SC Feucht | - | SV Heimstetten | 0:1 | ||||
| 6. Round | 20/08/2006 | SV Heimstetten | - | TSV Aindling | 2:0 |  |
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| 7. Round | 26/08/2006 | Würzburger FV | - | SV Heimstetten | 3:1 | |
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| 8. Round | 30/08/2006 | SV Heimstetten | - | 1. FC Nürnberg II | 0:1 | ||||
| 9. Round | 02/09/2006 | FC Ismaning | - | SV Heimstetten | 1:1 | ||||
| 11. Round | 16/09/2006 | VfL Frohnlach | - | SV Heimstetten | 1:2 | ||||
| 12. Round | 22/09/2006 | SV Heimstetten | - | SC Fürstenfeldbruck | 3:1 | ||||
| 13. Round | 29/09/2006 | Jahn Regensburg | - | SV Heimstetten | 3:1 | ||||
| 14. Round | 03/10/2006 | SV Heimstetten | - | Wacker Burghausen II | 3:1 | ||||
| 15. Round | 14/10/2006 | SpVgg Bayern Hof | - | SV Heimstetten | 3:1 | ||||
| 16. Round | 20/10/2006 | SV Heimstetten | - | SpVgg Unterhaching II | 3:0 | ||||
| 17. Round | 28/10/2006 | SpVgg Greuther Fürth II | - | SV Heimstetten | 1:1 | ||||
| 18. Round | 05/11/2006 | SV Heimstetten | - | SpVgg Weiden | 1:0 | ||||
| 19. Round | 11/11/2006 | 1. FC Bad Kötzting | - | SV Heimstetten | 1:1 |
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