| 1. Round | 27/08/2016 | Hamburger SV | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 10. Round | 05/11/2016 | FC Ingolstadt 04 | - | FC Augsburg | 0:2 |  |
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| 17. Round | 21/01/2017 | FC Schalke 04 | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 18. Round | 28/01/2017 | FC Ingolstadt 04 | - | Hamburger SV | 3:1 | ||||
| 19. Round | 04/02/2017 | Hertha BSC | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 20. Round | 11/02/2017 | FC Ingolstadt 04 | - | Bayern München | 0:2 | |
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| 21. Round | 18/02/2017 | Eintracht Frankfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 0:2 |  |
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| 22. Round | 26/02/2017 | FC Ingolstadt 04 | - | Bor. Mönchengladbach | 0:2 | ||||
| 23. Round | 04/03/2017 | 1899 Hoffenheim | - | FC Ingolstadt 04 | 5:2 | ||||
| 24. Round | 11/03/2017 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Köln | 2:2 | |
|
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| 25. Round | 17/03/2017 | Borussia Dortmund | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 26. Round | 02/04/2017 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FSV Mainz 05 | 2:1 | |
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| 27. Round | 05/04/2017 | FC Augsburg | - | FC Ingolstadt 04 | 2:3 | ||||
| 28. Round | 09/04/2017 | FC Ingolstadt 04 | - | SV Darmstadt 98 | 3:2 |  |
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| 32. Round | 06/05/2017 | FC Ingolstadt 04 | - | Bayer Leverkusen | 1:1 | ||||
| 33. Round | 13/05/2017 | SC Freiburg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 34. Round | 20/05/2017 | FC Ingolstadt 04 | - | FC Schalke 04 | 1:1 |
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