| 6. Round | 10/08/2018 | SV Schalding-Heining | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 8. Round | 26/08/2018 | VfR Garching | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 9. Round | 02/09/2018 | Bayern München II | - | Viktoria Aschaffenburg | 2:2 | ||||
| 7. Round | 12/09/2018 | Bayern München II | - | SpVgg Bayreuth | 2:1 | ||||
| 12. Round | 21/09/2018 | TSV 1860 Rosenheim | - | Bayern München II | 3:2 | ||||
| 19. Round | 11/11/2018 | 1. FC Nürnberg II | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 24. Round | 10/03/2019 | SpVgg Bayreuth | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 27. Round | 29/03/2019 | Bayern München II | - | FC Augsburg II | 0:1 | ||||
| 26. Round | 09/04/2019 | Viktoria Aschaffenburg | - | Bayern München II | 2:3 | ||||
| 29. Round | 15/04/2019 | Bayern München II | - | TSV 1860 Rosenheim | 1:1 | ||||
| 30. Round | 21/04/2019 | FC Memmingen | - | Bayern München II | 0:3 | ||||
| 31. Round | 26/04/2019 | Bayern München II | - | SV Heimstetten | 2:0 | ||||
| 32. Round | 06/05/2019 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Bayern München II | 1:1 |
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