| 1. Round | 07/08/2016 | BSG Chemie Leipzig | - | SSV Markranstädt | 2:0 |  |
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| 2. Round | 12/08/2016 | SSV Markranstädt | - | SV Merseburg 99 | 1:2 | ||||
| 3. Round | 26/08/2016 | VFC Plauen | - | SSV Markranstädt | 6:1 | ||||
| 5. Round | 17/09/2016 | SV SCHOTT Jena | - | SSV Markranstädt | 2:1 |  |
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| 6. Round | 25/09/2016 | SSV Markranstädt | - | Brandenburger SC Süd | 0:0 | ||||
| 7. Round | 01/10/2016 | SSV Markranstädt | - | Bischofswerdaer FV | 0:4 | ||||
| 10. Round | 29/10/2016 | FSV Barleben | - | SSV Markranstädt | 1:0 | ||||
| 11. Round | 05/11/2016 | SSV Markranstädt | - | BSG Wismut Gera | 2:3 | ||||
| 12. Round | 18/11/2016 | Union Sandersdorf | - | SSV Markranstädt | 1:4 | ||||
| 13. Round | 26/11/2016 | FC Carl Zeiss Jena II | - | SSV Markranstädt | 4:0 | ||||
| 14. Round | 04/12/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | SSV Markranstädt | 2:0 | ||||
| 18. Round | 04/03/2017 | SSV Markranstädt | - | VFC Plauen | 0:4 | ||||
| 21. Round | 01/04/2017 | Brandenburger SC Süd | - | SSV Markranstädt | 0:1 | ||||
| 22. Round | 09/04/2017 | Bischofswerdaer FV | - | SSV Markranstädt | 4:0 |
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