| 24. Round | 04/02/2024 | FC Ingolstadt 04 | - | Dynamo Dresden | 2:1 |  |
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| 25. Round | 11/02/2024 | TSV 1860 München | - | FC Ingolstadt 04 | 3:1 | ||||
| 26. Round | 16/02/2024 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Freiburg II | 2:3 | |
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| 27. Round | 24/02/2024 | SSV Ulm 1846 | - | FC Ingolstadt 04 | 0:0 | ||||
| 28. Round | 03/03/2024 | FC Ingolstadt 04 | - | Viktoria Köln | 1:3 | ||||
| 29. Round | 09/03/2024 | Jahn Regensburg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 30. Round | 17/03/2024 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Verl | 0:1 | ||||
| 31. Round | 30/03/2024 | SpVgg Unterhaching | - | FC Ingolstadt 04 | 0:3 | |
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| 32. Round | 05/04/2024 | FC Ingolstadt 04 | - | Arminia Bielefeld | 1:1 | |
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| 33. Round | 13/04/2024 | Borussia Dortmund II | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 34. Round | 20/04/2024 | FC Ingolstadt 04 | - | MSV Duisburg | 2:0 | ||||
| 35. Round | 28/04/2024 | Rot-Weiss Essen | - | FC Ingolstadt 04 | 4:0 | ||||
| 36. Round | 05/05/2024 | FC Ingolstadt 04 | - | Waldhof Mannheim | 1:1 | |
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| 37. Round | 11/05/2024 | FC Ingolstadt 04 | - | VfB Lübeck | 6:1 | |
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| 38. Round | 18/05/2024 | SV Sandhausen | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | |
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