| 8. Round | 17/09/2006 | 1. FC Köln II | - | SSVg Velbert | 1:1 | ||||
| 9. Round | 24/09/2006 | Rot-Weiß Oberhausen | - | 1. FC Köln II | 1:0 |  |
|||
| 10. Round | 29/09/2006 | 1. FC Köln II | - | 1. FC Kleve | 3:4 | ||||
| 13. Round | 29/10/2006 | VFB Speldorf | - | 1. FC Köln II | 0:1 | ||||
| 15. Round | 11/11/2006 | 1. FC Köln II | - | 1. FC Bocholt | 2:0 | ||||
| 21. Round | 25/02/2007 | Union Solingen | - | 1. FC Köln II | 0:3 | ||||
| 26. Round | 31/03/2007 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiß Oberhausen | 1:0 | ||||
| 20. Round | 09/04/2007 | 1. FC Köln II | - | Schwarz-Weiß Essen | 1:1 | ||||
| 27. Round | 13/04/2007 | 1. FC Kleve | - | 1. FC Köln II | 2:1 | ||||
| 30. Round | 06/05/2007 | 1. FC Köln II | - | VFB Speldorf | 3:2 |
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