| 1. Round | 17/08/2008 | FC Ingolstadt 04 | - | SpVgg Greuther Fürth | 3:2 | ||||
| 2. Round | 24/08/2008 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC Ingolstadt 04 | 2:1 | ||||
| 3. Round | 29/08/2008 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:3 | ||||
| 5. Round | 21/09/2008 | FC Ingolstadt 04 | - | VfL Osnabrück | 2:1 | ||||
| 6. Round | 28/09/2008 | TSV 1860 München | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 7. Round | 05/10/2008 | FC Ingolstadt 04 | - | Hansa Rostock | 4:2 | ||||
| 8. Round | 19/10/2008 | MSV Duisburg | - | FC Ingolstadt 04 | 6:1 | ||||
| 9. Round | 24/10/2008 | FC Ingolstadt 04 | - | FC Augsburg | 1:2 | ||||
| 30. Round | 03/05/2009 | 1. FC Nürnberg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 34. Round | 24/05/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | TuS Koblenz | 4:0 |
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