| 1. Round | 16/08/2008 | Eintracht Frankfurt II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:2 | ||||
| 3. Round | 30/08/2008 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 5:4 | ||||
| 4. Round | 13/09/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | TSV Großbardorf | 3:2 | ||||
| 7. Round | 05/10/2008 | SpVgg Unterhaching II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:4 | ||||
| 8. Round | 18/10/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | Karlsruher SC II | 2:0 | ||||
| 9. Round | 25/10/2008 | 1. FC Nürnberg II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:2 | ||||
| 10. Round | 29/10/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | SC Pfullendorf | 1:1 | ||||
| 11. Round | 01/11/2008 | SSV Ulm 1846 | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:2 | ||||
| 12. Round | 08/11/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | Viktoria Aschaffenburg | 0:0 | ||||
| 13. Round | 15/11/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | TSV 1860 München II | 1:2 | ||||
| 14. Round | 22/11/2008 | Hessen Kassel | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 3:1 |
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