| 1. Round | 25/07/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 2. Round | 28/07/2009 | Bayern München II | - | SpVgg Unterhaching | 1:1 | ||||
| 3. Round | 09/08/2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayern München II | 6:0 | ||||
| 4. Round | 16/08/2009 | Bayern München II | - | Dynamo Dresden | 0:0 |  |
|||
| 5. Round | 22/08/2009 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Bayern München II | 4:2 | ||||
| 6. Round | 29/08/2009 | Bayern München II | - | Wuppertaler SV | 3:1 | ||||
| 7. Round | 01/09/2009 | VfB Stuttgart II | - | Bayern München II | 2:4 | ||||
| 8. Round | 06/09/2009 | Bayern München II | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 13. Round | 17/10/2009 | Bayern München II | - | VfL Osnabrück | 1:1 | ||||
| 14. Round | 24/10/2009 | Borussia Dortmund II | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 15. Round | 31/10/2009 | Bayern München II | - | Holstein Kiel | 2:1 | ||||
| 16. Round | 07/11/2009 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 17. Round | 21/11/2009 | Bayern München II | - | Eintracht Braunschweig | 1:1 |
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