| 4. Round | 25/08/2012 | ETSV Weiche Flensburg | - | Hamburger SV II | 0:5 | ||||
| 5. Round | 31/08/2012 | Victoria Hamburg | - | ETSV Weiche Flensburg | 3:2 | ||||
| 16. Round | 17/11/2012 | VfL Wolfsburg II | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:1 | ||||
| 17. Round | 24/11/2012 | ETSV Weiche Flensburg | - | Goslarer SC | 1:0 | ||||
| 18. Round | 01/12/2012 | ETSV Weiche Flensburg | - | Holstein Kiel | 0:2 | ||||
| 25. Round | 09/03/2013 | ETSV Weiche Flensburg | - | TSV Havelse | 2:3 | ||||
| 19. Round | 01/04/2013 | SV Meppen | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:0 | ||||
| 28. Round | 07/04/2013 | VfB Oldenburg | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:0 | ||||
| 21. Round | 10/04/2013 | Hamburger SV II | - | ETSV Weiche Flensburg | 2:2 | ||||
| 29. Round | 13/04/2013 | ETSV Weiche Flensburg | - | SV Wilhelmshaven | 0:0 | ||||
| 27. Round | 17/04/2013 | ETSV Weiche Flensburg | - | BV Cloppenburg | 0:0 | ||||
| 30. Round | 20/04/2013 | Schwarz-Weiß Rehden | - | ETSV Weiche Flensburg | 2:3 | ||||
| 26. Round | 23/04/2013 | VfR Neumünster | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:1 | ||||
| 20. Round | 30/04/2013 | ETSV Weiche Flensburg | - | FC Oberneuland | annull. |
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