| 1. Round | 30/07/2016 | Lüneburger SK Hansa | - | U.S.I. Lupo-Martini | 1:0 | ||||
| 2. Round | 07/08/2016 | Eintracht Norderstedt | - | U.S.I. Lupo-Martini | 2:1 | ||||
| 3. Round | 13/08/2016 | U.S.I. Lupo-Martini | - | VfB Oldenburg | 0:1 | ||||
| 4. Round | 20/08/2016 | Hamburger SV II | - | U.S.I. Lupo-Martini | 1:0 | ||||
| 5. Round | 28/08/2016 | U.S.I. Lupo-Martini | - | SV Eichede | 5:2 | ||||
| 24. Round | 05/03/2017 | TSV Havelse | - | U.S.I. Lupo-Martini | 1:0 | ||||
| 25. Round | 11/03/2017 | Eintracht Braunschweig II | - | U.S.I. Lupo-Martini | 0:3 | ||||
| 26. Round | 19/03/2017 | U.S.I. Lupo-Martini | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:2 | ||||
| 23. Round | 04/04/2017 | U.S.I. Lupo-Martini | - | Hannover 96 II | 0:2 | ||||
| 21. Round | 13/04/2017 | U.S.I. Lupo-Martini | - | Hamburger SV II | 0:1 | ||||
| 30. Round | 22/04/2017 | U.S.I. Lupo-Martini | - | FC St. Pauli II | 1:2 |  |
|||
| 31. Round | 29/04/2017 | VfB Lübeck | - | U.S.I. Lupo-Martini | 1:0 | ||||
| 33. Round | 13/05/2017 | VfL Wolfsburg II | - | U.S.I. Lupo-Martini | 2:2 | ||||
| 34. Round | 20/05/2017 | U.S.I. Lupo-Martini | - | SV Meppen | 0:2 |
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