| 5. Round | 08/08/2012 | VfL Frohnlach | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 8. Round | 18/08/2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Ismaning | 2:2 | ||||
| 9. Round | 26/08/2012 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:0 | ||||
| 10. Round | 01/09/2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | Viktoria Aschaffenburg | 3:1 | ||||
| 11. Round | 08/09/2012 | TSV 1896 Rain | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 13. Round | 22/09/2012 | Würzburger Kickers | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 14. Round | 29/09/2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Augsburg II | 3:0 | ||||
| 17. Round | 13/10/2012 | TSV 1860 München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 19. Round | 26/10/2012 | FC Memmingen | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:4 |  |
|||
| 15. Round | 08/05/2013 | SpVgg Bayern Hof | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||||
| 36. Round | 11/05/2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1860 München II | 0:1 | ||||
| 37. Round | 18/05/2013 | SC Eltersdorf | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:1 | ||||
| 38. Round | 24/05/2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | 2:1 |
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