| 12. Round | 15/10/2000 | SG Wattenscheid 09 | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 13. Round | 21/10/2000 | Preußen Münster | - | Eintracht Braunschweig | 1:0 | ||||
| 24. Round | 17/02/2001 | Dresdner SC | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 26. Round | 03/03/2001 | SC Verl | - | Preußen Münster | 0:2 |  |
|||
| 27. Round | 10/03/2001 | Preußen Münster | - | KFC Uerdingen 05 | 3:1 | ||||
| 28. Round | 17/03/2001 | VfB Lübeck | - | Preußen Münster | 1:2 | ||||
| 29. Round | 01/04/2001 | Preußen Münster | - | Lüneburger SK | 1:1 | ||||
| 32. Round | 21/04/2001 | Eintracht Braunschweig | - | Preußen Münster | 2:1 | ||||
| 33. Round | 06/05/2001 | Preußen Münster | - | TeBe Berlin | 5:2 | ||||
| 34. Round | 12/05/2001 | Sachsen Leipzig | - | Preußen Münster | 2:0 | ||||
| 35. Round | 20/05/2001 | Preußen Münster | - | Erzgebirge Aue | 2:0 | |
|||
| 36. Round | 27/05/2001 | Fortuna Köln | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 37. Round | 02/06/2001 | Preußen Münster | - | SV Babelsberg 03 | 2:3 |
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