| 1. Round | 17/07/2015 | SpVgg Unterhaching | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 2. Round | 21/07/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | Jahn Regensburg | 1:3 | ||||
| 4. Round | 01/08/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Augsburg II | 4:0 | ||||
| 5. Round | 07/08/2015 | FC Amberg | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 9. Round | 06/09/2015 | TSV Buchbach | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:2 | ||||
| 14. Round | 10/10/2015 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | 1:0 | ||||
| 23. Round | 05/03/2016 | FV Illertissen | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:2 | ||||
| 29. Round | 15/04/2016 | SV Schalding-Heining | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||||
| 30. Round | 22/04/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 0:4 | ||||
| 31. Round | 29/04/2016 | FC Memmingen | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:2 | ||||
| 34. Round | 21/05/2016 | FC Ingolstadt 04 II | - | Viktoria Aschaffenburg | 5:3 |
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