| 9. Round | 25/10/2008 | VfL Wolfsburg II | - | Altona 93 | 3:2 |  |
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| 11. Round | 02/11/2008 | Sachsen Leipzig | - | Altona 93 | 1:3 | ||||
| 12. Round | 09/11/2008 | Altona 93 | - | VfB Lübeck | 0:0 | ||||
| 13. Round | 15/11/2008 | SV Wilhelmshaven | - | Altona 93 | 4:1 | ||||
| 15. Round | 29/11/2008 | Energie Cottbus II | - | Altona 93 | 1:1 | ||||
| 14. Round | 03/12/2008 | Altona 93 | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 | ||||
| 17. Round | 14/12/2008 | Altona 93 | - | Türkiyemspor Berlin | 0:3 | |
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| 18. Round | 20/12/2008 | Altona 93 | - | FC Oberneuland | 1:0 |
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