| 22. Round | 08/03/2008 | FC Kempten | - | Würzburger FV | 0:3 | ||||
| 23. Round | 15/03/2008 | Würzburger FV | - | SpVgg Bayreuth | 0:0 | ||||
| 25. Round | 29/03/2008 | Würzburger FV | - | 1. FC Nürnberg II | 2:2 | ||||
| 21. Round | 01/04/2008 | Würzburger FV | - | SpVgg Ansbach | 3:2 | ||||
| 26. Round | 05/04/2008 | FC Ismaning | - | Würzburger FV | 1:1 | ||||
| 24. Round | 08/04/2008 | SpVgg Weiden | - | Würzburger FV | 2:0 | ||||
| 27. Round | 11/04/2008 | Würzburger FV | - | TSV Großbardorf | 2:1 | ||||
| 28. Round | 18/04/2008 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Würzburger FV | 2:1 | ||||
| 29. Round | 26/04/2008 | Würzburger FV | - | 1. FC Bad Kötzting | 0:2 | ||||
| 30. Round | 03/05/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | Würzburger FV | 3:1 | ||||
| 31. Round | 10/05/2008 | Würzburger FV | - | SpVgg Bayern Hof | 0:3 | ||||
| 32. Round | 17/05/2008 | FC Memmingen | - | Würzburger FV | 0:0 | ||||
| 33. Round | 24/05/2008 | Würzburger FV | - | SpVgg Unterhaching II | 1:1 |  |
 |
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| 34. Round | 31/05/2008 | TSG Thannhausen | - | Würzburger FV | 0:1 | |
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