| 1. Round | 05/08/2016 | Union Sandersdorf | - | FSV Barleben | 1:2 | ||||
| 2. Round | 13/08/2016 | FSV Barleben | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:2 |  |
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| 18. Round | 05/03/2017 | FSV Barleben | - | FC Einheit Rudolstadt | 1:3 | ||||
| 19. Round | 10/03/2017 | Askania Bernburg | - | FSV Barleben | 2:0 | ||||
| 21. Round | 02/04/2017 | SV Merseburg 99 | - | FSV Barleben | 2:1 | ||||
| 22. Round | 08/04/2017 | FSV Barleben | - | VFC Plauen | 2:0 | ||||
| 23. Round | 13/04/2017 | Germania Halberstadt | - | FSV Barleben | 9:0 | ||||
| 24. Round | 23/04/2017 | FSV Barleben | - | SV SCHOTT Jena | 2:1 | ||||
| 25. Round | 29/04/2017 | SSV Markranstädt | - | FSV Barleben | 1:3 | ||||
| 26. Round | 07/05/2017 | FSV Barleben | - | Bischofswerdaer FV | 0:3 | ||||
| 27. Round | 13/05/2017 | VfL Halle 96 | - | FSV Barleben | 1:1 | |
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| 28. Round | 19/05/2017 | FSV Barleben | - | Inter Leipzig | 2:2 | ||||
| 29. Round | 28/05/2017 | FSV Barleben | - | Brandenburger SC Süd | 5:0 | ||||
| 30. Round | 03/06/2017 | BSG Wismut Gera | - | FSV Barleben | 5:3 |
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