| 11. Round | 02/11/2008 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Freiburg | 4:0 |  |
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| 12. Round | 09/11/2008 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC Ingolstadt 04 | 0:3 | |
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| 13. Round | 16/11/2008 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Nürnberg | 0:3 | ||||
| 15. Round | 30/11/2008 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 |  |
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| 16. Round | 05/12/2008 | FC Ingolstadt 04 | - | FSV Frankfurt | 1:1 | ||||
| 17. Round | 12/12/2008 | TuS Koblenz | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 | ||||
| 18. Round | 01/02/2009 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC Ingolstadt 04 | 6:1 | ||||
| 19. Round | 08/02/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:0 | ||||
| 20. Round | 15/02/2009 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 21. Round | 20/02/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Alemannia Aachen | 0:0 | ||||
| 22. Round | 01/03/2009 | VfL Osnabrück | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 23. Round | 08/03/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | TSV 1860 München | 2:3 | ||||
| 26. Round | 03/04/2009 | FC Augsburg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 27. Round | 09/04/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 |
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