| 7. Round | 05/10/2008 | SpVgg Unterhaching II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:4 | ||||
| 10. Round | 29/10/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | SC Pfullendorf | 1:1 |  |
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| 11. Round | 01/11/2008 | SSV Ulm 1846 | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:2 |  |
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| 12. Round | 08/11/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | Viktoria Aschaffenburg | 0:0 | ||||
| 13. Round | 15/11/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | TSV 1860 München II | 1:2 | ||||
| 15. Round | 29/11/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | SC Freiburg II | 2:0 | ||||
| 16. Round | 06/12/2008 | SpVgg Greuther Fürth II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 3:1 | ||||
| 32. Round | 23/05/2009 | SC Freiburg II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 5:0 |
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