| 1. Round | 07/08/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | VfL Halle 96 | 3:0 | ||||
| 2. Round | 13/08/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | Inter Leipzig | 0:0 | ||||
| 16. Round | 18/02/2017 | VfL Halle 96 | - | FC Einheit Rudolstadt | 2:5 |  |
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| 18. Round | 05/03/2017 | FSV Barleben | - | FC Einheit Rudolstadt | 1:3 |  |
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| 19. Round | 12/03/2017 | FC Einheit Rudolstadt | - | BSG Wismut Gera | 1:2 | ||||
| 20. Round | 19/03/2017 | Union Sandersdorf | - | FC Einheit Rudolstadt | 2:0 | ||||
| 17. Round | 26/03/2017 | Inter Leipzig | - | FC Einheit Rudolstadt | 0:1 | |
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| 21. Round | 02/04/2017 | FC Einheit Rudolstadt | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:1 | ||||
| 22. Round | 09/04/2017 | FC Einheit Rudolstadt | - | Brandenburger SC Süd | 6:1 | ||||
| 23. Round | 15/04/2017 | Askania Bernburg | - | FC Einheit Rudolstadt | 2:2 | ||||
| 24. Round | 23/04/2017 | FC Einheit Rudolstadt | - | BSG Chemie Leipzig | 1:4 | ||||
| 25. Round | 30/04/2017 | SV Merseburg 99 | - | FC Einheit Rudolstadt | 0:2 | |
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| 26. Round | 07/05/2017 | FC Einheit Rudolstadt | - | VFC Plauen | 1:0 |
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