| 1. Round | 31/07/2005 | Hertha BSC II | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 3. Round | 06/08/2005 | Preußen Münster | - | Chemnitzer FC | 2:1 |  |
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| 4. Round | 13/08/2005 | FC Carl Zeiss Jena | - | Preußen Münster | 0:1 |  |
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| 5. Round | 24/08/2005 | Preußen Münster | - | Holstein Kiel | 3:1 | |
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| 6. Round | 27/08/2005 | VfL Osnabrück | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 7. Round | 03/09/2005 | Preußen Münster | - | SG Wattenscheid 09 | 0:4 | ||||
| 8. Round | 10/09/2005 | Rot-Weiss Essen | - | Preußen Münster | 2:0 | ||||
| 9. Round | 16/09/2005 | Preußen Münster | - | 1. FC Köln II | 0:2 | ||||
| 10. Round | 20/09/2005 | FC St. Pauli | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 11. Round | 24/09/2005 | Preußen Münster | - | Hamburger SV II | 1:0 | |
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| 12. Round | 02/10/2005 | Werder Bremen II | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 13. Round | 15/10/2005 | Preußen Münster | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:2 | ||||
| 15. Round | 28/10/2005 | Preußen Münster | - | VfB Lübeck | 2:2 | ||||
| 16. Round | 04/11/2005 | Fortuna Düsseldorf | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 17. Round | 12/11/2005 | Preußen Münster | - | Rot-Weiß Oberhausen | 1:2 | ||||
| 32. Round | 15/04/2006 | Rot-Weiß Erfurt | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 35. Round | 07/05/2006 | Preußen Münster | - | Fortuna Düsseldorf | 2:0 |
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