| 1. Round | 07/08/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | VfL Halle 96 | 3:0 |  |
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| 4. Round | 11/09/2016 | BSG Wismut Gera | - | FC Einheit Rudolstadt | 0:0 | |
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| 5. Round | 18/09/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | Union Sandersdorf | 3:0 | ||||
| 6. Round | 24/09/2016 | FC Carl Zeiss Jena II | - | FC Einheit Rudolstadt | 1:2 | ||||
| 7. Round | 01/10/2016 | Brandenburger SC Süd | - | FC Einheit Rudolstadt | 2:2 | ||||
| 8. Round | 16/10/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | Askania Bernburg | 3:0 | ||||
| 10. Round | 30/10/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | SV Merseburg 99 | 0:0 | ||||
| 11. Round | 06/11/2016 | VFC Plauen | - | FC Einheit Rudolstadt | 1:1 | ||||
| 12. Round | 19/11/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | Germania Halberstadt | 1:2 | ||||
| 13. Round | 26/11/2016 | SV SCHOTT Jena | - | FC Einheit Rudolstadt | 1:2 | |
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| 14. Round | 04/12/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | SSV Markranstädt | 2:0 | ||||
| 16. Round | 18/02/2017 | VfL Halle 96 | - | FC Einheit Rudolstadt | 2:5 | ||||
| 21. Round | 02/04/2017 | FC Einheit Rudolstadt | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:1 | ||||
| 25. Round | 30/04/2017 | SV Merseburg 99 | - | FC Einheit Rudolstadt | 0:2 | ||||
| 29. Round | 28/05/2017 | SSV Markranstädt | - | FC Einheit Rudolstadt | 3:2 |
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