| 2. Round | 23/08/2008 | 1. FC Nürnberg II | - | SV Darmstadt 98 | 4:0 | ||||
| 3. Round | 30/08/2008 | SV Wehen Wiesbaden II | - | 1. FC Nürnberg II | 0:2 | ||||
| 6. Round | 06/09/2008 | 1. FC Nürnberg II | - | Viktoria Aschaffenburg | 1:0 | ||||
| 4. Round | 13/09/2008 | 1. FC Nürnberg II | - | SpVgg Unterhaching II | 1:2 |  |
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| 7. Round | 04/10/2008 | 1. FC Nürnberg II | - | SC Pfullendorf | 4:1 |  |
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| 9. Round | 25/10/2008 | 1. FC Nürnberg II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:2 | ||||
| 10. Round | 28/10/2008 | TSV 1860 München II | - | 1. FC Nürnberg II | 0:1 | ||||
| 11. Round | 01/11/2008 | 1. FC Nürnberg II | - | Hessen Kassel | 0:2 | ||||
| 13. Round | 15/11/2008 | 1. FC Nürnberg II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 1:1 | ||||
| 15. Round | 29/11/2008 | 1. FC Nürnberg II | - | Eintracht Frankfurt II | 1:2 |
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