| 1. Round | 07/08/2016 | Brandenburger SC Süd | - | BSG Wismut Gera | 1:1 | ||||
| 2. Round | 14/08/2016 | Germania Halberstadt | - | Brandenburger SC Süd | 2:2 | ||||
| 3. Round | 27/08/2016 | Brandenburger SC Süd | - | Union Sandersdorf | 2:1 | ||||
| 4. Round | 10/09/2016 | SV SCHOTT Jena | - | Brandenburger SC Süd | 0:0 | ||||
| 5. Round | 18/09/2016 | Brandenburger SC Süd | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:2 | ||||
| 6. Round | 25/09/2016 | SSV Markranstädt | - | Brandenburger SC Süd | 0:0 | ||||
| 7. Round | 01/10/2016 | Brandenburger SC Süd | - | FC Einheit Rudolstadt | 2:2 | ||||
| 8. Round | 15/10/2016 | Bischofswerdaer FV | - | Brandenburger SC Süd | 1:0 | ||||
| 9. Round | 22/10/2016 | Brandenburger SC Süd | - | Askania Bernburg | 0:2 | ||||
| 10. Round | 29/10/2016 | VfL Halle 96 | - | Brandenburger SC Süd | 1:4 | ||||
| 11. Round | 05/11/2016 | Brandenburger SC Süd | - | BSG Chemie Leipzig | 1:2 | ||||
| 13. Round | 26/11/2016 | Brandenburger SC Süd | - | SV Merseburg 99 | 1:2 |
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