| 5. Round | 19/09/2008 | SV Darmstadt 98 | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 5:2 | ||||
| 6. Round | 26/09/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | SV Wehen Wiesbaden II | 0:4 | ||||
| 7. Round | 05/10/2008 | SpVgg Unterhaching II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:4 |  |
|||
| 8. Round | 18/10/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | Karlsruher SC II | 2:0 | ||||
| 9. Round | 25/10/2008 | 1. FC Nürnberg II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:2 | ||||
| 10. Round | 29/10/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | SC Pfullendorf | 1:1 | ||||
| 11. Round | 01/11/2008 | SSV Ulm 1846 | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:2 | ||||
| 15. Round | 29/11/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | SC Freiburg II | 2:0 | ||||
| 16. Round | 06/12/2008 | SpVgg Greuther Fürth II | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 3:1 | ||||
| 17. Round | 17/12/2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | Waldhof Mannheim | 2:0 |  |
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