| 12. Round | 21/10/2006 | Dynamo Dresden | - | Werder Bremen II | 1:4 |  |
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| 13. Round | 28/10/2006 | Werder Bremen II | - | 1. FC Magdeburg | 2:2 | ||||
| 14. Round | 04/11/2006 | Wuppertaler SV | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 15. Round | 08/11/2006 | Werder Bremen II | - | Borussia Dortmund II | 0:1 | ||||
| 21. Round | 28/02/2007 | Werder Bremen II | - | Bayer Leverkusen II | 1:0 | |
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| 24. Round | 03/03/2007 | Hamburger SV II | - | Werder Bremen II | 0:3 | ||||
| 25. Round | 10/03/2007 | Werder Bremen II | - | Holstein Kiel | 2:3 | ||||
| 27. Round | 24/03/2007 | Werder Bremen II | - | Rot Weiss Ahlen | 0:2 | ||||
| 28. Round | 27/03/2007 | VfL Osnabrück | - | Werder Bremen II | 0:0 | ||||
| 30. Round | 07/04/2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 32. Round | 20/04/2007 | 1. FC Magdeburg | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 33. Round | 28/04/2007 | Werder Bremen II | - | Wuppertaler SV | 1:2 | |
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| 37. Round | 27/05/2007 | Hertha BSC II | - | Werder Bremen II | 0:1 |
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