| 10. Round | 29/10/2008 | 1. FC Magdeburg | - | VfB Lübeck | 3:0 | ||||
| 13. Round | 14/11/2008 | 1. FC Magdeburg | - | Energie Cottbus II | 3:1 | ||||
| 17. Round | 14/12/2008 | 1. FC Magdeburg | - | Chemnitzer FC | 4:1 |  |
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| 20. Round | 28/02/2009 | 1. FC Magdeburg | - | SV Babelsberg 03 | 1:1 |  |
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| 23. Round | 22/03/2009 | Hertha BSC II | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 24. Round | 29/03/2009 | 1. FC Magdeburg | - | VfL Wolfsburg II | 0:3 | ||||
| 27. Round | 25/04/2009 | VfB Lübeck | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 29. Round | 08/05/2009 | Hansa Rostock II | - | 1. FC Magdeburg | 4:2 | ||||
| 33. Round | 30/05/2009 | 1. FC Magdeburg | - | FC Oberneuland | 3:3 |
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