| 10. Round | 29/10/2008 | Energie Cottbus II | - | Sachsen Leipzig | 1:2 | ||||
| 12. Round | 08/11/2008 | Energie Cottbus II | - | SV Wilhelmshaven | 1:0 | ||||
| 16. Round | 06/12/2008 | Türkiyemspor Berlin | - | Energie Cottbus II | 1:0 | ||||
| 17. Round | 13/12/2008 | Energie Cottbus II | - | FC Oberneuland | 0:0 | ||||
| 18. Round | 20/12/2008 | Energie Cottbus II | - | Chemnitzer FC | 0:2 | ||||
| 19. Round | 21/02/2009 | Hannover 96 II | - | Energie Cottbus II | 2:1 | ||||
| 20. Round | 28/02/2009 | Energie Cottbus II | - | Holstein Kiel | 1:2 |
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