| 18. Round | 01/02/2009 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC Ingolstadt 04 | 6:1 |  |
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| 19. Round | 08/02/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:0 | ||||
| 20. Round | 15/02/2009 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | |
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| 21. Round | 20/02/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Alemannia Aachen | 0:0 | ||||
| 22. Round | 01/03/2009 | VfL Osnabrück | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 23. Round | 08/03/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | TSV 1860 München | 2:3 | ||||
| 24. Round | 15/03/2009 | Hansa Rostock | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 25. Round | 22/03/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | MSV Duisburg | 0:0 | ||||
| 26. Round | 03/04/2009 | FC Augsburg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | |
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| 27. Round | 09/04/2009 | FC Ingolstadt 04 | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | |
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| 28. Round | 19/04/2009 | SC Freiburg | - | FC Ingolstadt 04 | 3:2 |
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