| 6. Round | 24/09/2016 | FSV Barleben | - | SV Merseburg 99 | 2:2 | ||||
| 10. Round | 29/10/2016 | FSV Barleben | - | SSV Markranstädt | 1:0 | ||||
| 12. Round | 19/11/2016 | FSV Barleben | - | VfL Halle 96 | 3:2 | ||||
| 13. Round | 27/11/2016 | Inter Leipzig | - | FSV Barleben | 3:1 | ||||
| 15. Round | 10/12/2016 | FSV Barleben | - | BSG Wismut Gera | 1:3 | ||||
| 16. Round | 19/02/2017 | FSV Barleben | - | Union Sandersdorf | 1:1 |  |
|||
| 17. Round | 25/02/2017 | FC Carl Zeiss Jena II | - | FSV Barleben | 7:0 | ||||
| 18. Round | 05/03/2017 | FSV Barleben | - | FC Einheit Rudolstadt | 1:3 |  |
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| 19. Round | 10/03/2017 | Askania Bernburg | - | FSV Barleben | 2:0 | ||||
| 21. Round | 02/04/2017 | SV Merseburg 99 | - | FSV Barleben | 2:1 | ||||
| 22. Round | 08/04/2017 | FSV Barleben | - | VFC Plauen | 2:0 | ||||
| 23. Round | 13/04/2017 | Germania Halberstadt | - | FSV Barleben | 9:0 | |
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| 14. Round | 19/04/2017 | Brandenburger SC Süd | - | FSV Barleben | 5:1 | ||||
| 24. Round | 23/04/2017 | FSV Barleben | - | SV SCHOTT Jena | 2:1 | |
|||
| 26. Round | 07/05/2017 | FSV Barleben | - | Bischofswerdaer FV | 0:3 | ||||
| 29. Round | 28/05/2017 | FSV Barleben | - | Brandenburger SC Süd | 5:0 | |
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