| 1. Round | 07/08/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | VfL Halle 96 | 3:0 | ||||
| 2. Round | 13/08/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | Inter Leipzig | 0:0 | ||||
| 3. Round | 28/08/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | FSV Barleben | 1:0 | ||||
| 10. Round | 30/10/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | SV Merseburg 99 | 0:0 | ||||
| 11. Round | 06/11/2016 | VFC Plauen | - | FC Einheit Rudolstadt | 1:1 | ||||
| 12. Round | 19/11/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | Germania Halberstadt | 1:2 | ||||
| 13. Round | 26/11/2016 | SV SCHOTT Jena | - | FC Einheit Rudolstadt | 1:2 | ||||
| 14. Round | 04/12/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | SSV Markranstädt | 2:0 | ||||
| 16. Round | 18/02/2017 | VfL Halle 96 | - | FC Einheit Rudolstadt | 2:5 | ||||
| 25. Round | 30/04/2017 | SV Merseburg 99 | - | FC Einheit Rudolstadt | 0:2 | ||||
| 27. Round | 14/05/2017 | Germania Halberstadt | - | FC Einheit Rudolstadt | 3:0 | ||||
| 28. Round | 21/05/2017 | FC Einheit Rudolstadt | - | SV SCHOTT Jena | 2:1 | ||||
| 29. Round | 28/05/2017 | SSV Markranstädt | - | FC Einheit Rudolstadt | 3:2 | ||||
| 30. Round | 03/06/2017 | FC Einheit Rudolstadt | - | Bischofswerdaer FV | 0:6 |
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