| 1. Round | 07/08/2016 | VFC Plauen | - | Germania Halberstadt | 0:0 | ||||
| 3. Round | 28/08/2016 | Germania Halberstadt | - | SV SCHOTT Jena | 3:1 | ||||
| 4. Round | 09/09/2016 | SSV Markranstädt | - | Germania Halberstadt | 0:6 | ||||
| 5. Round | 18/09/2016 | Germania Halberstadt | - | Bischofswerdaer FV | 1:0 | ||||
| 6. Round | 25/09/2016 | VfL Halle 96 | - | Germania Halberstadt | 0:2 | ||||
| 7. Round | 30/09/2016 | Germania Halberstadt | - | Inter Leipzig | 3:2 | ||||
| 8. Round | 16/10/2016 | FSV Barleben | - | Germania Halberstadt | 1:4 | ||||
| 9. Round | 23/10/2016 | Germania Halberstadt | - | BSG Wismut Gera | 2:0 | ||||
| 10. Round | 28/10/2016 | Union Sandersdorf | - | Germania Halberstadt | 1:3 | ||||
| 12. Round | 19/11/2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | Germania Halberstadt | 1:2 |
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